Sistem cukai baru telah diperkenalkan iaitu cukai barang-barang keperluan harian penduduk di Sabah, seperti beras. Cukai beras merupakan tambahan 5% daripada harga beras. Sistem cukai beras ini mendapat bantahan awal daripada kaum Cina, yang mana mereka, diwakili oleh Persatuan Bangsa Cina Borneo Utara pada tahun 1898, telah menghantar kawat bantahan ke London, memohon agar pihak Syarikat mempertimbangkan masalah kenaikan harga cukai beras. Masalah cukai beras ini dikatakan menjadi faktor yang mempengaruhi Mat Salleh dan pengikut-pengikutnya. Mereka berpendapat bahawa “beras ialah makanan asasi semua orang” dan pihak Syarikat British telah menghina penduduk-penduduk tempatan dengan mengupah sebilangan pemimpin tempatan sebagai pengutip cukai bagi pihak syarikat. Pengutip-pengutip cukai ini telah menyalahgunakan kuasa mereka dengan mengenakan cukai yang lebih tinggi.

Selain cukai beras, Syarikat Berpiagam Borneo Utara British juga mengenakan cukai sistem lesen mandatori kepada penduduk-penduduk tempatan yang memiliki perahu. Perahu merupakan alat kenderaan bagi tujuan perhubungan penduduk pada ketika itu. Dengan adanya lesen perahu ini, penduduk negeri Sabah berasa dibebani oleh peraturan lesen perahu yang diperkenalkan oleh pihak Syarikat. Penduduk-penduduk negeri Sabah berasa tidak puas hati dengan peraturan-peraturan baru yang diperkenalkan oleh Syarikat Berpiagam Borneo Utara British. Mereka berpendapat bahawa pihak Syarikat membuat peraturan-peraturan yang sangat membebankan mereka. Hal ini membangkitkan kemarahan pemimpin-pemimpin tempatan kerana syarikat asing itu ingin memecahbelahkan penduduk negeri Sabah.

Sumber : Mat Salleh